L'explosion des données et des sources de données sur le Web nécessite des solutions d'intégration pour de nombreuses applications dans divers domaines. En parallèle, les ontologies ont été largement développées. Par conséquent, un grand nombre d'instances ontologiques ont été générées. Nous avons proposé un système d'intégration complet pour les sources à base ontologique permettant une intégration automatique, une grande autonomie des sources et une réconciliation et fusion des instances. Notre système permet une flexibilité de l'ajout d'une nouvelle source et peut être utilisé à grande échelle. Il traite l'hétérogénéité par des ontologies enrichies par les dépendances fonctionnelles (DF) définies sur chaque classe ontologique. Ces DF permettent la réconciliation des données tout en relâchant la contrainte d'existence d'un identifiant commun. Nous avons doté notre système d'une méthode complète de réconciliation et de fusion de données. Elle se déroule suivant cinq étapes: (1) découverte des DF de la requête, (2) détermination des sources concernées, (3) dérivation de la clé de réconciliation, (4) évaluation des requêtes et enfin, la (5) réconciliation et fusion des résultats.