Il sistema dei canali radicolari agisce come un "santuario" per la crescita e la sopravvivenza del microbiota endodontico. Ciò è dovuto all'ambiente speciale che i microbi trovano all'interno dei canali radicolari. Sebbene dal sistema dei canali radicolari siano stati isolati diversi microbi, come virus e funghi, i batteri sono quelli più comunemente associati alle infezioni endodontiche. Questi sono i primi a raggiungere la polpa e a dare inizio alla reazione pulpare attraverso l'esposizione diretta della polpa, i canali laterali/accessori o attraverso la membrana parodontale e il flusso sanguigno. La cavità orale ospita molteplici micro nicchie anatomiche che possono variare dalla nascita alla vecchiaia a causa dei cambiamenti dell'ambiente orale, ma il canale radicolare, essendo uno spazio chiuso, ospita diversi microbioti, compresi microrganismi gram negativi e positivi. Per ottenere i migliori risultati con la terapia canalare è importante conoscere il microbiota residente e come combatterlo.