Ce livre s'interesse a l'application des methodes a noyaux sur graphes pour la prediction de proprietes moleculaires. Dans ce livre, nous presentons un etat de l'art des methodes a noyaux sur graphes definies en chemoinformatique et plus particulierement les noyaux sur graphes bases sur les sacs de motifs. Dans ce cadre, nous proposons un nouveau noyau sur graphes base sur un ensemble explicite de sous-arbres, appeles treelets, permettant d'encoder une grande partie de l'information structurelle acyclique des graphes moleculaires. Nous proposons egalement d'etudier les methodes d'apprentissage a noyaux multiples afin d'extraire un ensemble de motifs pertinents. Nos travaux sont ensuite etendus en incluant l'information cyclique encodee par deux representations moleculaires definies par le graphe et l'hypergraphe de cycles pertinents ainsi que deux noyaux sur graphes utilisant ces representations. Enfin, la derniere partie vise a definir deux nouveaux noyaux sur graphes bases sur la distance d'edition."