El sistema de conductos radiculares actúa como un "santuario afluente" para el crecimiento y la supervivencia de la microbiota endodóntica. Esto se atribuye al entorno especial que los microbios obtienen dentro de los conductos radiculares. Aunque se han aislado diversos microbios, como virus y hongos, del sistema de conductos radiculares, las bacterias son las que se encuentran más comúnmente asociadas a las infecciones endodónticas. Estas son las primeras en llegar a la pulpa e iniciar la reacción pulpar a través de la exposición directa de la pulpa, los canales laterales/accesorios o a través de la membrana periodontal y el torrente sanguíneo. La cavidad oral alberga múltiples micro nichos anatómicos que pueden variar desde el nacimiento hasta la vejez debido a los cambios en el entorno oral; sin embargo, el conducto radicular, al ser un espacio cerrado, alberga una microbiota diferente que incluye microorganismos gramnegativos y positivos. Para conseguir los mejores resultados con el tratamiento del conducto radicular, es importante conocer la microbiota residente y cómo combatirla.