Noli me tangere es, a la vez, una novela costumbrista sobre la Filipinas de la epoca anterior a su independencia de Espana, una novela romantica y sentimental acerca de amores contrariados o imposibles y un alegato contra la degradacion moral de la sociedad filipina por la imposicion de una religiosidad en los limites de la supersticion. A todo ello se anade una reflexion politica sobre las dificiles relaciones de la colonia con su metropoli. Su argumento es el siguiente: Crisostomo Ibarra, un joven mestizo (hijo de espanol y de filipina), regresa a su patria despues de haber pasado unos anos en Europa para adquirir una formacion mas cosmopolita. A su vuelta descubre la manera terrible como ha muerto su padre: acusado falsamente por envidias, muere en la carcel y su cuerpo es desenterrado del cementerio cristiano y arrojado al mar por indicacion del parroco del pueblo, el franciscano fray Damaso, antano amigo suyo. Crisostomo ama a una joven Maria Clara, y es correspondido por ella. Los padres de ambos habian sellado una promesa de matrimonio para cuando Ibarra regresara de Europa y en ese momento ambos jovenes renuevan su pacto amoroso. La llegada de Ibarra despierta los recelos de las poderosas ordenes religiosas, que temen la mala influencia que las ideas progresistas de Ibarra puedan ejercer en la adormilada sociedad filipina. Pero, a su vez, su vuelta ilusiona a quienes desean el progreso del pais. Uno de los primeros proyectos de Ibarra es construir en su pueblo, San Diego, una escuela, pues piensa que la educacion es la mejor semilla para el desarrollo y el despertar de la conciencia de los filipinos. El nucleo de la narracion se desarrolla alrededor de la festividad del patrono de San Diego. Se entremezclan las celebraciones religiosas (procesiones, misas solemnes y sermones) con otras profanas (copiosos banquetes, bailes, juegos callejeros y peleas de gallos). En un banquete, ante las intencionadas y malevolas provocaciones de fray Damaso, Ibarra agrede fisicamente al fraile, de resultas de lo cual los religiosos lo declaran excomulgado. Antes, el dia de la puesta de la primera piedra de la escuela, Ibarra se habia salvado apuradamente de un intento de asesinato, bajo la apariencia de un accidente. Protegido por el Capitan General de Filipnas y por el Arzobispo de Manila, Ibarra es liberado de la excomunion y puede reanudar su idilio con Maria Clara. Una nueva celada se trama alrededor de Ibarra: siendo totalmente ajeno al hecho, se le acusa de promover una revuelta contra el cuartel de la guardia civil y el convento de los franciscanos, a raiz de lo cual es encarcelado y enviado a Manila junto con otros presuntos e igualmente inocentes cabecillas de la rebelion. Maria Clara sufre un chantaje a causa del origen pecaminoso de su nacimiento y se ve obligada a romper su compromiso con Ibarra. Al final de la novela, Ibarra consigue escapar de la carcel y del pais, aunque se le da oficialmente por muerto en el intento de fuga. Creyendo fallecido a su enamorado, Maria Clara ingresa en un convento."