Nachdem die Schülerin Madoka von einem seltsamen knuffigen Wesen namens Kyubey dazu aufgefordert wurde, ein »Magical Girl« zu werden und gegen böse Hexen zu kämpfen, häufen sich die eigenartigen Begegnungen. Langsam schwant ihr, was es bedeuten würde, ein Magical Girl zu werden - und wie sehr dies ihr Leben verändern würde. Ihre Mitschülerin Sayaka, die den Pakt mit Kyubey bereits unterzeichnet hat, obwohl sie sich davor gefürchtet hat, nimmt Madoka mit auf Hexenjagd-Streife. Als es zu einem heftigen Kampf zwischen den Magical Girls Sayaka und Homura kommt, erfährt Madoka einiges über ihre eigenen potenziellen Kräfte...