Die Einzelkämpferin Kyoko Sakura, Mami Tomoe, die als Gerechtigkeitskämpferin die Stadt Mitakahara beschützt und Homura Akemi, die versucht, in Madoka Kanames Nähe zu sein. Die Kämpfe dieser drei Magical Girls, die sich eigentlich nie begegnen sollten, konzentrieren sich durch eine Reihe von Morden an Magical Girls auf einem gemeinsamen Punkt. Und das verändert das Leben der Drei... und eine neue Geschichte um die Magical Girls beginnt...