O microbioma oral é uma parte importante do microbioma humano. A cavidade oral tem a segunda maior microbiota depois dos intestinos, e a sua estrutura aberta cria um ambiente especial. Com o desenvolvimento de tecnologia como a sequenciação de próxima geração e a bioinformática, tornaram-se possíveis extensos estudos microbiológicos aprofundados. Podem também ser aplicados no campo clínico em termos de diagnóstico e tratamento. Muitos estudos microbiológicos têm sido realizados sobre doenças orais e sistémicas, mostrando uma estreita associação entre os dois. Espera-se que a compreensão da interacção entre o microbioma oral e o hospedeiro forneça orientações futuras para explorar as alterações funcionais e metabólicas das doenças, e para descobrir os mecanismos moleculares para o desenvolvimento e tratamento de medicamentos que facilitam a medicina personalizada.