Le microbiome buccal est une partie importante du microbiome humain. La cavité buccale possède le microbiote le plus important après les intestins, et sa structure ouverte crée un environnement particulier. Avec le développement de technologies telles que le séquençage de nouvelle génération et la bio-informatique, des études approfondies du microbiome sont devenues possibles. Elles peuvent également être appliquées dans le domaine clinique en termes de diagnostic et de traitement. De nombreuses études sur le microbiome ont été réalisées sur les maladies bucco-dentaires et systémiques, montrant une association étroite entre les deux. La compréhension du microbiome buccal et de l'interaction avec l'hôte devrait permettre d'explorer les changements fonctionnels et métaboliques dans les maladies et de découvrir les mécanismes moléculaires pour le développement de médicaments et le traitement qui facilitent la médecine personnalisée.