Il microbioma orale è una parte importante del microbioma umano. La cavità orale ha il secondo microbiota più numeroso dopo l'intestino e la sua struttura aperta crea un ambiente speciale. Con lo sviluppo di tecnologie come il sequenziamento di nuova generazione e la bioinformatica, sono diventati possibili studi approfonditi sul microbioma. Possono anche essere applicati in campo clinico in termini di diagnosi e trattamento. Molti studi sul microbioma sono stati condotti su malattie orali e sistemiche, dimostrando una stretta associazione tra i due. La comprensione del microbioma orale e dell'interazione con l'ospite dovrebbe fornire indicazioni future per esplorare i cambiamenti funzionali e metabolici nelle malattie e scoprire i meccanismi molecolari per lo sviluppo di farmaci e il trattamento che facilitano la medicina personalizzata.