Les huiles essentielles et leurs constituants sont reconnus par leur effet antimicrobien. Ce travail porte sur l'étude de l'activité antifongique des huiles essentielles de Thym de la région de Aïn Jammela (Teboursouk) vis-à-vis de quatre pathogènes et leur effet stimulateur du système de défense chez la plante. La composition chimique de l'huile essentielle extraite par hydro-distillation des parties aériennes de Thymus capitatus ont été analysées par CG-MS. Le carvacrol (81,65%) est le composé prédominant de l'huile de T. capitatus. L'activité antifongique moyennant le test de fongitoxicité a été mené sur un ensemble de champignons telle que Botrytis cinerea, Fusarium, Rhizoctonia et un Oomycète Pythium. Les résultats ont montré une activité importante avec des CI50 qui ne dépassent pas 54.45 ppm pour le maximum et 11 ppm pour le minimum. Puis, le test in vivo a montré que cette huile est dotée d'un pouvoir inducteur de défense réduisant ainsi la colonisation mycélienne. Tous les résultats montrent les potentialités à utiliser de cette huile dans la protection des plantes contre les champignons phytopathogènes.