Le système de canaux radiculaires agit comme un "sanctuaire affluent" pour la croissance et la survie du microbiote endodontique. Ceci est attribué à l'environnement spécial que les microbes obtiennent à l'intérieur des canaux radiculaires. Bien que divers microbes, tels que des virus et des champignons, aient été isolés dans le système canalaire, ce sont les bactéries qui sont le plus souvent associées aux infections endodontiques. Elles sont les premières à atteindre la pulpe et à initier la réaction pulpaire par l'exposition directe de la pulpe, par les canaux latéraux/accessoires ou par la membrane parodontale et le flux sanguin. La cavité buccale abrite de multiples micro-niches anatomiques qui peuvent varier de la naissance à la vieillesse en raison des changements de l'environnement buccal. Cependant, le canal radiculaire étant un espace fermé, il abrite différents microbiotes, y compris des microorganismes gram négatifs et positifs. Pour obtenir les meilleurs résultats lors d'un traitement de canal, il est important de connaître le microbiote résident et de savoir comment le combattre.