Las proteínas son los principales componentes de las vías metabólicas fisiológicas de las células. El inicio, la progresión y la gravedad de la enfermedad periodontal están mediados principalmente por diversas moléculas proteicas. El uso de proteínas como biomarcadores de diagnóstico en las enfermedades periodontales ha aumentado en los últimos años. La proteómica es la rama de la biología molecular que implica el estudio de las propiedades de las proteínas a gran escala, lo que ayuda a comprender los procesos de la enfermedad a nivel proteico. La saliva y otros fluidos orales proporcionan información clínicamente relevante, ya que contienen biomarcadores proteínicos de diagnóstico para las enfermedades periodontales. Estos biomarcadores proteómicos incorporan diversas enzimas derivadas del huésped y de las bacterias, factores de virulencia y mediadores inflamatorios que son los principales responsables de los procesos patogénicos clave en la enfermedad periodontal: inflamación, degradación del colágeno y resorción ósea. En este artículo de revisión se ha intentado analizar la importancia de la proteómica en el diagnóstico y la evaluación de la progresión de las enfermedades periodontales.