Les chaines logistiques representent un avantage concurrentiel que les entreprises che rchent a perenniser. Neanmoins, il n'est jamais aise d'anticiper l'evolution d'une chaine logistique, ni celle du contexte dans lequel se fait cette evolution. Par consequent, integrer les perturbations comme un parametre dans l'etude de la chaine peut permettre de limiter sa vulnerabilite. Les travaux de recherche presentes dans cette these, dans le cadre d'une cooperation avec le departement logistique d'EADS, portent sur la definition d'une approche de modelisation et de simulation orientee agents de cha ines logistiques dans un contexte a fortes perturbations (la chaine logistique de gestion de crise). Cependant, travailler dans un milieu incertain, incite a se doter de mecanismes de cooperation assurant la satisfaction de tous les acteurs de la chaine, tout en agissant d'une facon collective pour atteindre un objectif commun: la gestion de crise. Pour resoudre ce type de problemes, nous avons defini dans cette these deux modes d'interactions ainsi que des protocoles de negociation bases sur la cooperation."